Kegiatan ekstrakurikuler merupakan kegiatan rutin sekolah dalam setiap tahun pelajaran. Kegiatan ekstra kurikuler ini terlahir sebagai respon terhadap perkembangan dan perubahan  dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa, dan bernegara. Kegiatan ini memberikan dasar-dasar pengetahuan, ketrampilan, keahlian, serta pengalaman belajar yang akan membangun integritas sosial serta mewujudkan karakter pembelajaran yang sejalan dengan prinsip belajar seumur hidup dan pengalaman belajar sepanjang hayat (learning to life) yang mengacu pada empat pilar pendidikan universal,  yaitu belajar mengetahui (learning to know), belajar melakukan (learning to do), belajar menjadi diri sendiri (learning to be), dan belajar hidup dalam kebersamaan (learning to live together).

Kegiatan ekstrakurikuler akan sangat membantu siswa dalam menampung, menyalurkan, membimbing  bakat dan minatnya. Selain itu, dengan adanya kegiatan ekstra kurikuler, hal ini akan meningkatkan skill / keahlian siswa dalam menghadapi persaingan hidup di era globalisasi ini. Selain itu, kegiatan ini akan meningkatkan prestasi sekolah baik akademik maupun non akademik.

          Adapun kegiatan ekstrakurikuler yang ada di SMA UII YOGYAKARTA adalah sebagai berikut

OSIS

PRAMUKA

MUSIK

FUTSAL

CONVERSATION