Untuk memperkuat pemahaman keislaman tidak hanya dari segi teori namun juga praktik langsung, SMA UII Yogyakarta menyediakan fasilitas unggulan berupa Laboratorium Agama. Ruangan khusus ini dirancang sebagai tempat pembelajaran kontekstual di mana para siswa dapat mendalami syariat Islam, sejarah peradaban Islam, hingga tata cara ibadah yang sesuai dengan tuntunan.
Fasilitas pendukung di dalamnya sangatlah lengkap, meliputi perangkat ibadah yang memadai, media pembelajaran audio-visual terkini, serta berbagai literatur keagamaan yang komprehensif. Melalui pendekatan yang lebih hidup dan aplikatif ini, kami berharap setiap siswa dapat mengintegrasikan nilai-nilai spiritual dalam setiap langkah dan karakter kehidupan mereka kelak.