Masjid Al-Azhar menjadi pusat kegiatan keagamaan di SMA UII Yogyakarta. Dengan kapasitas hingga 300 jamaah, masjid ini terdiri dari ruang utama dan serambi yang nyaman. Kehadirannya diharapkan menguatkan nafas spiritual bagi seluruh warga sekolah.

Laboratorium Kimia SMA UII Yogyakarta menjadi ruang eksplorasi ilmiah yang mendukung pembelajaran berbasis praktik. Dilengkapi dengan fasilitas lengkap, laboratorium ini menunjang berbagai praktikum sesuai mata pelajaran Kimia di tingkat SMA.

Laboratorium Fisika SMA UII Yogyakarta menjadi ruang eksplorasi ilmiah yang mendukung pembelajaran berbasis praktik. Dilengkapi dengan fasilitas lengkap, laboratorium ini menunjang berbagai praktikum sesuai mata pelajaran Fisika di tingkat SMA.

Laboratorium Komputer SMA UII Yogyakarta dilengkapi perangkat yang memadai untuk mendukung pembelajaran teknologi informasi, pemrograman, dan literasi digital. Suasana ruang yang tertata rapi dan kondusif menjadikan praktikum komputer lebih interaktif dan efisien.

Laboratorium ini menjadi ruang pembelajaran kontekstual untuk memperdalam pemahaman keislaman secara teoritis maupun praktis. Fasilitas seperti perangkat ibadah, media audio-visual, dan literatur keagamaan mendukung proses belajar yang lebih hidup dan aplikatif.

Studio Mini SMA UII Yogyakarta terdiri dari studio foto, studio podcast, serta ruang persiapan yang mendukung produksi konten secara profesional. Dirancang layaknya studio sungguhan, ruang ini menjadi sarana ekspresi kreatif dan pengembangan keterampilan media digital bagi peserta didik.

SMA UII Yogyakarta memiliki dua ruang rapat utama serta satu ruang meeting khusus untuk Kepala Sekolah. Seluruh ruang dirancang dengan interior yang elegan dan multifungsi, menghadirkan suasana yang representatif dan nyaman untuk berbagai kebutuhan koordinasi, rapat, dan dan diskusi.

Ruang Pameran SMA UII Yogyakarta menjadi wadah apresiasi bagi karya-karya peserta didik, mulai dari lukisan, maket, hasil kerajinan, hingga produk pembelajaran berbasis proyek. Ruang ini dirancang untuk menampilkan kreativitas dan inovasi peserta didik dalam suasana yang inspiratif dan edukatif.

Perpustakaan SMA UII Yogyakarta menyediakan layanan koleksi sirkulasi dan referensi yang mendukung kebutuhan literasi peserta didik. Fasilitasnya mencakup meja baca individu, ruang baca kelompok, serta area duduk lesehan yang nyaman, menciptakan suasana membaca yang tenang dan menyenangkan.

Ruang Bimbingan dan Konseling SMA UII Yogyakarta dirancang privat dan nyaman, sehingga peserta didik merasa aman untuk berbagi cerita, curhat, maupun menyampaikan keluh kesah. Layanan konseling disediakan secara profesional dan suportif untuk mendampingi proses belajar peserta didik.

Ruang Organisasi SMA UII Yogyakarta disediakan khusus untuk mendukung aktivitas OSIS & MPK, PMR, Rohis, dan Pramuka. Masing-masing organisasi memiliki satu ruangan tersendiri yang dirancang untuk menunjang berbagai keperluan, mulai dari rapat, penyusunan program kerja, hingga pengelolaan kegiatan siswa.

Kantin dan Koperasi SMA UII Yogyakarta hadir untuk memenuhi kebutuhan harian siswa, baik makanan, minuman, maupun perlengkapan sekolah. Tersedia pula ruang makan yang nyaman sebagai ruang interaksi sosial, sehingga tidak hanya tempat jual beli, tetapi juga membangun kebersamaan antarwarga sekolah.

SMA UII Yogyakarta memiliki ruang produksi air mineral yang dikelola secara mandiri oleh sekolah. Fasilitas ini tidak hanya memenuhi kebutuhan konsumsi air minum harian, tetapi juga menjadi bagian dari edukasi kemandirian dan pengelolaan sumber daya secara berkelanjutan.